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Les principaux projets menés au LIM&BIO détaillés plus bas sont:
Collaborations (projets non institutionnels) avec:
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| Les Résumés des Caractéristiques Produits (RCP) des spécialités pharmaceutiques commercialisées en France (Plus de 4500), représentent un vaste corpus de textes diffusés par l’Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé (AFSSAPS). Ils décrivent les propriétés des médicaments comme leurs indications, contre-indications, pharmacocinétique, pharmacodynamie, précautions d’emploi, posologie recommandée. Ils sont écrits en langage naturel, le vocabulaire utilisé étant très contrôlé au moment de leur écriture. Leur représentation structurée est susceptible de conduire à des utilisations inaccessibles actuellement. Le LIM&BIO mène une recherche visant à modéliser le contenu de certaines rubriques de ces RCP à partir d’une méthodologie dérivée de méthodes de traitement automatique du langage et plus généralement de l’ingénierie des connaissances. L’objectif est de développer des outils utilisables pour l’aide à la prescription et au raisonnement médical, l’aide à la stratégie de développement de nouvelles molécules, l’aide à la rédaction des RCP, l’amélioration des bases médicaments et une facilitation de leur constitution et maintenance par des outils d’extraction automatique. | |
| Ce projet a pour objectif le développement de méthodes et outils logiciels destinés à aider le médecin dans le choix des meilleures thérapeutiques médicamenteuses adaptées au cas d’un patient donné. Il pose le problème de la représentation des connaissances sur les stratégies thérapeutiques telles que décrites dans les guides de bonnes pratiques cliniques et de la conception de moteurs d’inférences génériques pour l’utilisation de ces connaissances. Une première phase a conduit à la conception d’un système illustré par un logiciel prototype développé dans le domaine du traitement médicamenteux de l’hypertension artérielle essentielle de l’adulte. Ces travaux ont été réalisés par un consortium comprenant quatre laboratoires d’informatique Médicale, deux industriels et la Société de Formation Thérapeutique du Généraliste. Une étude d’acceptabilité a été conduite en Médecine générale. L’extension d’ASTI pour l'ensemble des maladies chroniques et une étude d’impact en médecine générale sont en cours. La valorisation d’ASTI doit conduire à la diffusion industrielle de bases de connaissances de stratégies thérapeutiques et d’outils d’aide à la prescription interfaçables facilement avec les logiciels de gestion de cabinet médical. | |
| L'accés aux connaissances médicales contenues dans des textes reste difficile pour le médecin en face d'un patient pendant une consultation. Ce projet vise à développer un langage graphique de visualisation de connaissances médicales (langage VCM) utilisable pour faciliter la lecture de documents comme par exemple les monographies des médicaments ou les guides de bonne pratique clinique. L'objectif est de disposer d'un langage facile à apprendre et capable de représenter des concepts différents comme les maladies, les symptômes mais aussi les médicaments, les examens cliniques et complémentaires. Une première version du langage VCM a été développée et son utilisation testée dans un prototype original de consultation des résumés des caractéristiques produits des médicaments. D'autres utilisations de VCM dans des moteurs de recherche médicaux ou pour faciliter la navigation dans le dossier patient sont en cours de développement. | |
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Cadre: Projet CNRS theme: Plateforme logiciel/Sélection d'attributs L’analyse des données issues de puces ADN représente l’un des thèmes de recherche pluridisciplinaires affiché CNRS dans la thématique « le vivant et ses enjeux sociaux". Florence D’alche-Buc, Vincent Corruble, Maria Rifqi et moi même avons eu notification en juin 2002 de l’acceptation d’un projet (MineChips) concernant le développement d’outils d’analyse des données. Début du projet: 2002. Durée prévue: 1 ans |
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Cadre: Projet INSERM-AVENIR Theme: Classification Automat. de Donneées BioPuces basée sur GO) Nous avons développé un ensemble d’outils pour la récolte des données. Il s’agissait en particulier de récupérer automatiquement des informations issues de la base de données en ligne GeneOntology (http://www.geneontology.org) pour compléter la description des gènes. Nous avons d’autre part conçu un programme permettant d’extraire des connaissances sur les fonctions des gènes. Celui-ci est essentiel aux algorithmes de regroupement d’objets que nous utilisons [Bournaud, Courtine & Zucker, 2002] Début du projet: 2001 |
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| Nb. de visites depuis le 01/01/2003 |